【男子2－3部入替戦】
| 三重大学 | ３０ | １３－１２ | ２７ | 静岡大学 |
| 2部７位 | １７－１５ | 3部２位 |
三重大は２部残留・静岡大学は３部残留
| 名古屋市立大学 | １７ | １２－１２ | ２１ | 愛知淑徳大学 |
| 2部8位 | ０５－０９ | 3部1位 |
名古屋市立大学は3部降格・愛知淑徳大学は2部昇格
【女子１－２部入替戦】
| 名古屋文理大学 | １６ | ０８－１２ | １８ | 南山大学 |
| １部8位 | ０８－０６ | ２部1位 |
名古屋文理大学は２部降格・南山大学は１部昇格
【男子１－２部入替戦】
| 朝日大学 | ２９ | １３－１１ | ２７ | 愛知学泉大学 |
| １部９位 | １６－１６ | ２部２位 |
朝日大は1部残留・愛知学泉大学は2部残留
| 名古屋工業大学 | ２２ | ０８－１５ | ２８ | 名古屋大学 |
| １部１０位 | １４－１３ | ２部１位 |
名古屋大学は1部昇格・名古屋工業大学は2部降格
期日： 平成２８年１０月１５日
会場： 岐阜大学体育館
| 第１試合 | 男子２部－３部 | １０：００ | 三重大学
（２部７位） |
静岡大学
（３部２位） |
| 第２試合 | 男子２部－３部 | １１：２０ | 名古屋市立大学
（２部８位） |
愛知淑徳大学
（３部１位） |
| 第３試合 | 女子１部－２部 | １２：４０ | 名古屋文理大学
（１部８位） |
南山大学
（２部１位） |
| 第４試合 | 男子１部－２部 | １４：００ | 朝日大学
（１部９位） |
愛知学泉大学
（２部２位） |
| 第５試合 | 男子１部－２部 | １５：２０ | 名古屋工業大学
（１部１０位） |
名古屋大学
（２部１位） |
| 順位 | 大学名 | 勝－負－分 | 勝ち点 |
| 優勝 | 大同大学
（２季連続５回目） |
９－０－０ | １８ |
| 準優勝 | 中部大学 | ８－１－０ | １６ |
| ３位 | 中京大学 | ７－２－０ | １４ |
| ４位 | 名城大学 | ６－３－０ | １２ |
| ５位 | 岐阜聖徳学園大学 | ４－５－０ | ８ |
| ６位 | 愛知教育大学 | ３－５－１ | ７ |
| ７位 | 愛知大学（豊橋） | ３－５－１ | ７ |
| ８位 | 岐阜大学 | ２－６－１ | ５ |
| ９位 | 朝日大学 | １－７－１ | ３ |
| １０位 | 名古屋工業大学 | ０－９－０ | ０ |
※6，7位の順位は東海学生ハンドボールリーグ順位決定方法2－Ａ（該当チーム間の対戦結果によるポイントの多いチームが上位）に則り決定。
※大同大学・中部大学・中京大学・名城大学・岐阜聖徳学園大学・愛知教育大学は11/19-23に徳島県で行われる第５9回全日本学生ハンドボール選手権大会に出場。
| 順位 | 大学名 | 勝－負－分 | 勝ち点 |
| 優勝 | 中京大学
（２季連続４５回目） |
７－０－０ | １４ |
| 準優勝 | 大同大学 | ６－１－０ | １２ |
| ３位 | 東海学園大学 | ４－３－０ | ８ |
| ４位 | 愛知教育大学 | ３－３－１ | ７ |
| ５位 | 愛知淑徳大学 | ２－３－２ | ６ |
| ６位 | 至学館大学 | ２－４－１ | ５ |
| ７位 | 岐阜大学 | ２－５－０ | ４ |
| ８位 | 名古屋文理大学 | ０－７－０ | ０ |
※中京大学・大同大学・東海学園大学・愛知教育大学は11/19-23に徳島県で行われる第５9回全日本学生ハンドボール選手権大会に出場。
2016年度秋季リーグ戦・男子3部は、A・Bグループの順位確定後、10月8日（土）名古屋市体育館にて実施予定の対戦結果で最終順位が確定する日程（大会プログラム日程表）となっておりました。
ところが、この日程は従来行われてきた順位決定方法（上位2チームの決定方法のみ適用）とは異なることが9月30日に判明しました。
10月2日の理事会にて、協議した結果、今リーグにおいても従来通りの順位決定方法を
実施すべきとの決定をいたしました。この決定に伴い、当該校である愛知淑徳大学（A１位）、至学館大学（B１位）、静岡大学（A２位）、愛知大学・名古屋（B２位）、の４校には、追加の競技日程を組み入れるとともに、10月8日（土）の競技日程を別紙のとおり、変更して実施させていただくこととなりました。
競技運営の責任者である理事長（競技委員長）の過失により、日程漏れがありました。当該校である男子３部のチーム関係者各位にはたいへんご迷惑をおかけしました。重ねてお詫び申しあげます。
なお、別紙の日程（10/３改訂版）にて、試合を実施させていただきますので、ご対応のほどよろしくお願い申し上げます。
